Die Architektur von DynamicNodes lässt sich in folgende Schichten unterteilen:

• Präsentation
• Präsentationslogik
• Anwendungslogik
• Persistenz

Interessant ist, dass DNCore, bis auf ein Nachrichtensystem für Systemmeldungen, keinerlei Präsentationsmechanismen besitzt. Dagegen besitzen sowohl DNVisual als auch DNConsole keinerlei Anwendungslogik oder Persistenz, sondern ausschließlich Präsentationsfunktionalität.

Eine Sonderrolle nehmen die Knotenbibliotheken ein, welche für die enthaltenen Knotentypen Funktionalität aus allen vier Schichten mitbringen können.